Fue iniciado por el matrimonio Rossell hacia 1894 quienes, motivados por su interés en los animales y en la naturaleza, incorporaron una variada colección a su finca de descanso.
Legado por el matrimonio a la ciudad de Montevideo, que tomó posesión del mismo, el 14 de marzo de 1919, a la muerte de los donantes. Su concepción original establecía la Villa como un lugar de colección de animales y plantas exóticas en un predio de siete hectáreas.
Este criterio coleccionista originó la necesidad de exhibición de los animales en jaulas y recintos seguros y enrejados. Los primeros visitantes vieron por primera vez animales de todas partes del mundo. El concepto victoriano de colección y exhibición primó en el zoológico la mayor parte del siglo XX, cuando aún la humanidad no había tomado conciencia del peligro que significaba la ruptura del equilibrio.
Recientemente, el zoológico realizó una transformación con el fin de exhibir a los animales en recintos más confortables, cambiando las rejas por otros cierres, como empalizadas o vidrios, y privilegiando la conservación y reproducción de las especies. Se reestructuró la caminería y el diseño de los recintos, limitando la cantidad de animales por especie.